As colecções do Museu de História Natural de Maputo ilustram alguns dos ambientes naturais em que os animais vivem e permitem visualizar o funcionamento do ecossistema e a interação entre as diferentes espécies.
As colecções expostas são variadas, em alguns casos únicas no mundo, e compreendem cerca de 3.324 peças, entre mamíferos, répteis, peixes, invertebrados marinhos e terrestres.
O Museu de História Natural de Maputo integra ainda a coleção etnográfica que caracteriza os hábitos culturais de alguns grupos sociais de Moçambique e objetos informativos usados para educação ambiental.
As colecções do Museu são uma referência para a história de Moçambique, documentando os diferentes ecossistemas (marinhos e terrestres) que podemos encontrar em Moçambique.
Para além disso, o Museu de História Natural de Maputo inclui várias colecções científicas, incluindo numerosos holótipos e a mais rica coleção dedicada à gestação de elefantes, contendo 14 fetos de elefante do primeiro ao 22º mês de gestação que data desde a Primeira Guerra Mundial.
O Museu de História Natural de Maputo está a passar agora por um processo de transformação que inclui uma requalificação arquitetónica e museológica, ambas com a finalidade de deixar o Museu mais moderno. Após essa transformação, o Museu, passará a contar com apresentação holística do ecossistema, em que todos os vários habitats e animais de Moçambique serão mostrados na sua relação natural, uma apresentação da região costeira contando também com a representação da biodiversidade associada aos ambientes fluviais e será destacada a rica biodiversidade das zonas perifluviais e perilacustres. Será dedicado um amplo espaço aos ambientes da Savana, que será completado por numerosos pontos de aprofundamento.
Por último, graças à reorganização dos espaços que será efectuada durante as obras de renovação, o Museu disporá de um espaço dedicado a exposições cronológicas desde as suas origens até à atualidade e uma grande sala específica para exposições temporárias.