Historial
Em 13 de Agosto de 1958 por despacho do Subsecretário do Estado do Ultramar, o Museu passou a subordinação do Instituto de Investigação Científica de Moçambique.
Em 1975 com a extinção do Instituto de Investigação Científica de Moçambique, o Museu de História Natural passou à tutela da Universidade Eduardo Mondlane.
As actividades de investigação do Museu foram iniciadas em 1947 com a contratação de naturalistas. No entanto, após a independência, os naturalistas do Museu abandonaram o país, tendo o Museu entre 1975 e 1994 tido apenas o então Director do Museu, Dr. Augusto Cabral, que exercia as funções de gestão e de investigação. Em 1995 foram contratados os primeiros dois investigadores do Museu e um docente do Departamento de Ciências Biológicas foi formalmente indicado colaborador na área de Entomologia. Em 1998 o Museu foi reforçado com mais uma Investigadora na área de Museologia. Desde 1998 até 2013 o Museu trabalhou com apenas três investigadores (um docente e dois investigadores). Em 2013 o Museu recebeu uma investigadora transferida da Escola Superior de Ciências Marinhas de Quelimane.

Em 2015 o Museu contou com mais quatro investigadores estagiários contratados, sendo que destes até Novembro de 2017 apenas 2 investigadores estagiários contratados se mantiveram em funções, tendo dois sido dispensados por incumprimento dos seus contratos ao fim de 2 anos. Actualmente o Museu conta com quatro investigadores dos quais um é investigador contratado e uma Directora Adjunta para a área de Investigação, que reforça o papel do Museu na Investigação e bem como reforça a missão do Museu de contribuir para uma Universidade de Investigação.